Fue semifinalista en el Masters Series de Montreal en Canadá, perdió su primer partido en el Masters de Cincinnati y fue derrotado en la cuarta ronda del Abierto de EE. Ingresó al terreno de juego en el minuto 68 de partido sustituyendo a Jon Dahl Tomasson. Esta derrota, que describirá como la peor del año, le impide volver a ser número uno del mundo. Durante la segunda mitad del año, luchó contra una lesión de rodilla sufrida durante la final de Wimbledon y hubo rumores de que la lesión en el pie que sufrió durante 2005 causó daños a largo plazo, algo a lo que su entrenador y tío Toni Nadal dio crédito.
